미국 포드재단의 지원을 받아 북한을 포함한 공산권에 대한 분석연구와 한반도의 통일문제연구에 주력했다. 그 연구결과로 <한국공산주의운동사>, <북한의 이데올로기와 정치>, <한국통일과 국제정세> 등 30권의 연구총서를 출간했고, <북한연구자료집> 등 자료총서 15권을 출간했다. 이를 통해 아연은 세계 5대 공산권 연구소 중 하나로 명성을 쌓을 수 있었다.
아연은 민주화의 세계적 확산에 주목하였고, 독일 콘라드 아데나워 재단(Konrad Adenauer Foundation)의 지원을 받아 한국 사회의 민주화와 경제발전에 대한 연구에 주력하였다. 사회학, 경제학, 역사학, 정치학을 포함한 학제간 공동연구를 통하여 <한국개발연구총서> 32권을 완간했다.
냉전의 종식과 함께 동아시아 지역에 대한 학문적 관심이 높아지면서 아연은 이 지역의 사회와 문화에 대한 연구를 확대했다. 1996년부터 10년 동안 한국과 일본의 학자 70명이 참여한 대규모 공동 연구 프로젝트인 '한일공동연구포럼(1996~2005년)'을 주최하여 한일공동연구의 새로운 장을 개척했다. 아울러 체계적인 중국 연구 성과물인 <중국연구총서> 17권과 민주화 이후 한국 사회를 분석한 <민주주의 총서> 15권을 발간했다.
2008년 인문한국사업(HK사업) 해외지역연구소로 선정된 것을 계기로, 전임연구인력 확충, HK동북아지역연구센터·비교사연구센터·중국연구센터·대만연구센터·한민족공동체연구센터 개설, 아연 건물 새 단장 등이 이루어졌다. 특히 전임교수(정년 트랙)를 임용함으로써 안정적인 연구기반을 마련했다. 또한, 동북아시아 지역 연구자들 간의 학술교류를 확대하고 이미 협력관계를 맺고 있는 한국·중국·일본의 주요 연구소 및 연구자들이 지역 정보와 자료를 공유할 수 있는 네트워크를 구축했다. 그리고 <아연 동북아총서> 21권을 발간했다.
아연은 남북한 경제통합을 포함한 동아시아협력연구를 강화하기 위해 아시아협력센터, 북한연구센터를 신설하면서 지역연구에 대한 집중도를 높여 왔다. 21세기를 맞아 역동적으로 전개되는 지역 질서의 변화를 파악하고, 남북한을 포함한 동아시아 국가 간의 상호 교류·협력·소통과 지역통합에 대한 방안을 모색하고 있다. 특히 아연 산하 각 센터에 대한 지원을 강화하여 자율적 운영을 통한 활발한 연구 활동의 기반을 마련했다. <아연 인문교양총서>, <북한연구총서>, <아연 번역총서> 등의 발간을 준비 중이다.
아연은 그동안 축적해 온 인적·물적 연구자산과 인문학 및 사회과학을 아우르는 학제간 연구를 통해 동북아 지역연구의 선도적인 역할을 수행하고 있다. 아연은 과거의 성과를 기반으로 끊임없는 혁신을 통해 연구와 교육을 겸비한 세계적 수준의 동아시아 지역연구소로 도약하기 위해 힘차게 나아가고 있다.